Костянтин Іванович Богатиренко – людина високої технічної ерудиції, улюбленець студентської молоді, на долю якого припали найскладніші роки пострадянського періоду. Саме в цей час кафедра була переведена в корпус механічного факультету на 519 м/р. У зв’язку з цим заново створювалися навчальні лабораторії і комп'ютерні класи, освоювалися нові виробничі площі. Величезний обсяг робіт із створення лабораторії мікропроцесорної техніки, розвитку матеріальної бази і методичного забезпечення виконаний доцентом А.П. Плахтєєвим. Знову за обсягом госпдоговірних робіт кафедра увійшла до числа провідних кафедр інституту.
2002 року кафедру очолив доктор технічних наук, академік Академії будівництва України, професор Леонід Іванович Нефьодов, фахівець у галузі САПР, інформаційних технологій, управління проектами та програмами, який забезпечив справжній прорив у справі підготовки кадрів вищої кваліфікації, під його керівництвом захищено 15 кандидатських та 2 докторські дисертації. Він забезпечив наукове керівництво аспірантів і співробітників кафедри.
У 2003 році кафедра автоматики була перейменована на кафедру автоматизації та комп’ютерно-інтегрованих технологій (АКІТ) та відкрита філія кафедри АКІТ на Державному підприємстві Науково-дослідний технологічний інститут приладобудування (ДП НДТІП) Національної аерокосмічної агенції, де студенти проходять переддипломну практику, науково-дослідне стажування, отримують практичні уміння та навички з проектування та впровадження засобів автоматизації та комп’ютерно-інтегрованих технологій. Студенти активно беруть участь у міжнародних наукових конкурсах, конференціях, публікаціях.
Останні роки на кафедрі розвивається напрямок «Інформаційні технології в управлінні проектами та програмами» (керівник д.т.н., проф. Л. І. Нефьодов), у рамках якого здійснюється пошук нових методів організації, планування, керівництва, спрямованих на ефективне досягнення мети проекту шляхом використання сучасних методів, техніки та технології управління. Протягом останніх десяти років під керівництвом професора Л.І. Нефьодова захищено 9 кандидатських дисертацій (Плугіна Т.В., Шевченко М.В., Бабенко О.П., Філь Н.Ю., Осьмачко О.О., Губін Ю.М, Біньковська А.Б., Маркозов Д.О. та Кононихін О.С.). Захищено докторські дисертація Ю.А. Петренка та М.В. Шевченко.
Крім, цього ведуться дослідження щодо робастного керування мобільними роботами для земляних робіт. За цім напрямом у 2018 році доц. О.Г. Гурко захищено докторську дисертацію.
За останні 10 років проводилось науково-технічне співробітництво із Вищою школою транспорту (Болгарія, Варна), Білоруським національним університетом (м. Мінськ, Білорусь), Бєлгородським державним технологічним університетом ім. В.Г. Шухова (м. Бєлгород, Росія), Інститутом інженерії Автономного університету Нижньої Каліфорнії (Мексика), Мадридським політехнічним університетом (Іспанія), Вільнюським технічним університетом ім. Гедімінаса (Литва). Видано 6 посібників, 3 монографії, більш 500 наукових статей та публікацій, проведено декілька міжнародних конференцій, взято участь у понад 150 міжнародних науково-практичних конференціях.