В 2002 году кафедру возглавил доктор технических наук, академик Академии строительства Украины, профессор Леонид Иванович Нефедов, специалист в отрасли САПР, информационных технологий, управления проектами и программами, который обеспечил настоящий прорыв в деле подготовки кадров высшей квалификации: под его руководством защищено 15 кандидатских и 2 докторские диссертации.

В 2003 году кафедра автоматики была переименована в кафедру автоматизации и компьютерно-интегрированных технологий (АКИТ). В этом же году был открыт филиал кафедры АКИТ на Государственном предприятии Научно-исследовательский технологический институт приборостроения (ГП НИТИП) Национального аэрокосмического агентства, где студенты проходят преддипломную практику, научно-исследовательскую стажировку, получают практические умения и навыки по проектированию и внедрению средств автоматизации и компьютерно-интегрированных технологий. Студенты активно участвуют в международных научных конкурсах, конференциях, публикациях.

 Последние годы на кафедре развивается направление «Информационные технологии в управлении проектами и программами» (руководитель д.т.н., проф. Л.И. Нефедов), в рамках которого осуществляется поиск новых методов организации, планирования и руководства, направленных на эффективное достижение цели проекта путем использования современных методов, техники и технологии управления. В течение последних десяти лет под руководством профессора Л.И. Нефедова защищено 9 кандидатских диссертации (Плугина Т.В., Шевченко М.В., Бабенко Е.П., Филь Н.Ю., Осьмачко О.О., Губин Ю.М, Биньковская А.Б., Маркозов Д.А. и Кононыхин А.С.). Защищено две докторские диссертации – Петренко Ю.А. и Шевченко М.В.

Кроме того, ведутся исследования относительно робастного управления мобильными работами для земляных работ. В этом направлении в 2018 году доцентом Гурко А.Г. защищена докторская диссертация.

За последние 10 лет установлено научно-техническое сотрудничество с Высшей школой транспорта (Болгария, Варна), Белорусским национальным университетом (г. Минск, Беларусь), Белгородским государственным технологическим университетом им. В.Г. Шухова (г. Белгород, Россия), Институтом инженерии Автономного университета Нижней Калифорнии (Мексика), Мадридским политехническим университетом (Испания), Вильнюсским техническим университетом им. Гедиминаса (Литва). Издано 6 пособий, 5 монографий, более 500 научных статей и публикаций, проведено несколько международных конференций, принято участие в свыше 150 международных научно-практических конференциях.